Der Fluss Kunene entspringt in Angola, im Hochland von Bié in einer Höhe von 1800 Metern. Die ersten 300 Kilometern führen durch etliche Schluchten und Stromschnellen. Anschliessend fliesst er durch die prominente Kalahari-Dornstrauchsavanne.
Später bildet er die Grenze zwischen Angola und Nambia, ehe er nach insgesamt 1207 Kilometern in den Südatlantik fliesst.
Zweimal sorgt der Fluss für «Spektakel». Bekannt sind insbesondere die Ruacana-Wasserfälle sowie die Epupa-Fälle. Zudem wird das Wasser verschiedentlich genutzt. Der Fluss ist vor Ruacana gestaut und anderenorts wird mit einer Pipeline die Wasserversorgung einer nördlichen Region von Namibia verbessert.